思いっきりマイナーな環境ですが、 Emacs21.1 on Mac OS X with Carbon patch で SKK がうまく つかえているかた、いらっしゃるでしょうか?
最初に変換するときに SKK-JYSYO.L を読みにいった後 Header line for okuri-ari entries is missing! と怒られ、以後変換しようとすると Wrong type argument: number-or-marker-p, nil と怒られて、変換ができなかったりします。