ホームディレクトリ(/home/ユーザ名)で ls -a ってすると 先頭に . のついたファイルがでてくるはず。 これらはドットファイルって呼ばれてて、これらが設定ファイルです。 各人のホームディレクトリに、各人の設定ファイルを用意する。
たとえば、シェルの設定ファイルは シェルが csh や tcsh なら.cshrc
なんか上の方で、シェルがtcsh っぽいことが書いてあったから 一回、.cshrcの最終行に vi とかで alias lf ls -FA って書いてみ。 cygwinを再起動するとlfってコマンドを入力すると ls -FA と同じことができたりする。 これも327の言うように、シェルがシステムにls -FA と同じことを するように頼んでるから。